교육부 직원의 평균 재임기간이 매우 짧아서, 업무의 안정성과 계획성이 확보되지 못한다는 주장이 제기됐다. 국회 교육위원회 소속 민주노동당 최순영의원에 따르면, 교육부 장관의 경우 평균 재임개월이 7.8개월이었으며(이기준 장관 제외시 10.3개월), 차관의 경우 12.8개월, 국장의 경우 13.8개월, 과장의 경우 15.1개월 수준으로 나타났다.

가장 짧은 기간 재임한 이기준 장관의 경우 6일 동안 재임하였으며, 가장 짧게 재임한 차관은 45일을 채 넘지 못하였다. 국장급 인사의 경우에도 가장 짧은 경우 24일을 넘지 못하였고, 재임 기간이 1년을 넘지 않는 경우가 43%나 되었다. 과장급 인사의 경우 가장 짧은 경우 4개월을 넘지 못하였으며, 재임기간 1년을 넘지 않은 경우가 50%에 해당됐다.

이 같은 사실에 대해서 최순영의원은 “교육부의 정책은 학생,학부모,교사 등의 목소리를 반영해야 하며, 일관성 있는 정책집행이 매우 중요하다. 이를 통해 정책의 안전성을 확보할 수 있다. 교육부 인사정책에서 드러난 정책안전성의 부족문제를 해결하기 위해서는 1~2년 정도로 순환하는 인사시스템이 아닌, 현장 교사 중심의 전문보직제를 통해서 교육행정의 전문성과 책임성을 높여가는 방향의 인사시스템을 만들기 위해 노력해야 할 것”이라고 지적했다.